Oficialia Vatikano bibliotekos („Biblioteca Apostolica Vaticana“) įkūrimo data oficialiai laikoma 1475 birželio 15-oji, kai popiežius Sikstas IV paskelbė bulę, kuri šį faktą įteisino. Tačiau šis teiginys ne visiškai atitinka realybę. Tuo metu popiežiaus biblioteka jau turėjo ilgą ir turtingą įvykiais istoriją. Vatikane buvo saugomos senų rankraščių kolekcijos, surinktos ir prieš Sikstą IV. Buvo laikomasi tradicijos, užgimusios dar IV-ame šimtmetyje popiežiaujant Damazui I ir pratęstos popiežiaus Bonifacijaus VIII – pirmojo pilno tiems laikams katalogo kūrėjo. Tradiciją tęsė ir tikrasis bibliotekos įkūrėjas Mikalojus V, kuris paskelbė ją vieša ir paliko po savo mirties apie 1,5 tūkst rankraščių. Jau 1481 metais Vatikano bibliotekoje buvo 3,5 tūkst originalių rankraščių, kuriuos popiežiaus nuncijai įsigijo Europos šalyse. Daugelio šių darbų turinys buvo įamžintas ateities kartoms begalę kartų juos perrašius. Tuo metu surinktoje kolekcijoje buvo ne tik šventieji raštai, patrologiniai ir teologiniai veikalai, bet ir filosofiniai traktatai, klasikiniai graikų, lotynų, senovės žydų, asirų, koptų ir arabų literatūros kūriniai, taip pat darbai apie jurisprudenciją, istoriją, meną, architektūrą, muziką. Vatikano bibliotekos fondai tebepildomi iki šiol. Palikimas, surinktas popiežių, žymiai padidėdavo gaunant dovanų, įsigyjant ar paimant į apsaugą ištisas bibliotekas. Būtent tokiu būdu į Vatikano fondus pateko visa eilė didžiausių Europos bibliotekų. Tame tarpe ir Heidelbergo (1622), ir Urbino (1657), visos karalienės Kristinos knygos (1690), daugybės aristokratų giminių bukinistinės kolekcijos. Be to, bibliotekoje saugojami ir įvairiausi archyvai, kurie iki šiol neištirti. Yra šiame didžiausiame planetos lobyne ir tokių vertybių, prie kurių prieiti galima tik teoriškai. Pvz., didžiojo Leonardo da Vinčio kai kurie rankraščiai iki šiol saugomi po devyniais antspaudais. Kodėl? Yra versija, kad juose yra kažkas, kas gali sumenkinti Bažnyčios prestižą. Ypatinga bibliotekos paslaptimi laikomos kažkokios paslaptingos toltekų knygos. Apie jas žinoma tik tiek, kad jos egzistuoja. Visa kita – gandai, nepatvirtintos hipotezės ir legendos. Kalbama, kad jose yra duomenų apie pradingusį inkų auksą. Kalbama, kad tai vienintelis patikimos informacijos apie ateivių lankymąsi Žemėje šaltinis. Kalbama, kad būtent tose knygose atskleidžiama Velykų salos stabų paslaptis… Vatikano bibliotekos paslaptys traukia kaip magnetas, bet kad jas atskleisti, reikia padirbėti su jos fondais, o čia ne viskas taip paprasta. Nors bibliotekoje saugomi įvairiausi archyvai, prieiti prie jų skaitytojui griežtai draudžiama. Oficialiai biblioteka atidaryta moksliniam tiriamąjam darbui, bet kasdien ją gali aplankyti vidutiniškai 150 mokslininkų. Esant tokiam tyrimų intensyvumui (net neskaičiuojant nuolatinių fondų papildymų), surinktų bibliotekoje lobių tyrinėjimai baigsis tik po 1250 metų! Šiandien Vatikane saugoma 70 000 rankraščių, 8000 senovinių spausdintinių knygų, 1 mln vėlesnių leidinių, daugiau kaip 100 000 graviūrų, apie 200 000 žemėlapių ir dokumentų, ir didžiulė daugybė meno kūrinių, kurios ir suskaičiuoti ne taip jau lengva.